Autor Thema: Genetik-Tools  (Gelesen 330 mal)

Martin Lemke

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Genetik-Tools
« am: 2018-02-13 13:27:25 »
Ich frage mal hier im Forum, weil das auch andere interessieren könnte. Ich möchte selber einen Phylogenie-Bäumchen erzeugen, möchte aber nicht ein paar hundert Euro dafür ausgeben.

Rainer empfahl mir folgendes Programm: BioEdit (nicht gerade modern – Version von 2005). Leider schaffe ich es nicht, meine in einer Excel-Tabelle befindlichen Sequenzen in dieses Programm zu laden. Delbst nicht, nach dem ich jeden Sequenz einzeln in das sehr simple fasta-Format konvertiert hatte. Grund ist, dass ein dem Programm beiliegender Konverter, auf (m)einem 64 Bit-System nicht läuft und daher beim Importversuch mit einer Fehlermeldung abbricht.

Zum Zeichnen von Bäumen empfahl Rainer die Website https://itol.embl.de/, aber auch hier scheitert es an den erforderlichen Dateiformaten. Einen recht universelen Konverter fand ich hier: sequenceconversion.bugaco.com aber das verwirrende Angebot an einander inkompatiblen  Dateitypen überfordert mich.

Wie mache ich es richtig? Gibt es noch Software-Alternativen? UGENE sollte im Prinzip das erforderliche können (und noch viel mehr), doch ich bekomme es nicht hin.

Martin


Ressourcen: https://molbiol-tools.ca/

Martin Lemke

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Re: Genetik-Tools
« Antwort #1 am: 2018-02-14 12:55:36 »
Rainer hat mir per E-Mail geantwortet. Nach dem ich die Sequenzen in einer fasta-Datei zusammengefasst hatte, klappt es nun auch mit UGENE. Hier mal ein Baum der GBOL-Ergebnisse von Microneta viaria.

Ein so gestaltetes Bäumchen habe ich bisher noch nicht gesehen. Ich schätze, das ist der Normalfall, wenn alle dicht bei einander liegen.

Martin


Rainer Breitling

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Re: Genetik-Tools
« Antwort #2 am: 2018-02-14 13:07:11 »
Hübsch :) Sieht so aus, als seien die alle identisch, mit Astlängen von Null. Könnte das sein? Vielleicht gibt es bei UGENE die Möglichkeit, Äste unterhalb einer Minimallänge nicht zu trennen? "Collapse branches" oder so? Oder kann man die Astlänge nach Ähnlichkeit skalieren, so dass kurze Äste auch kurz gezeichnet werden?
Beste Grüsse,
Rainer

Martin Lemke

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Re: Genetik-Tools
« Antwort #3 am: 2018-02-15 11:10:24 »
Es gibt 3 verschiedene Methoden:

  • PHYLIP Neighbor Joining (erstes Bäumchen)
  • MrBayer
  • PhyML Maximum Likehood

Jede Methode mit einer gewissen Anzahl einstellbarer Parameter (siehe Screenshots). An denen habe ich aber mangels Kenntnis noch nicht herumgefummelt. Ich bin schon froh, dass ich jetzt ein Tool habe, mit dem ich schnell1 ein Bäumchen produzieren kann. In weitere Analysemethoden muss ich mich noch hineinfuchsen.

Mit der 3. Methode sieht das Bäumche etwas geordneter aus (Microneta_viaria1.svg).

Martin


1: "Schnell" ist natürlich relativ. Ich hatte schon ein Bäumchen mit sämtlichen Clubiona (ca. 4900 Datensätze) erstellt, wo man dann doch etwas warten muss, bis der Baum fertg ist.