Forum europäischer Spinnentiere

Praktisches und Organisatorisches (Other topics) => Rund ums Sammeln und Bestimmen (Other aspects of collecting and determination) => Thema gestartet von: Martin Lemke am 2018-02-13 13:27:25

Titel: Genetik-Tools
Beitrag von: Martin Lemke am 2018-02-13 13:27:25
Ich frage mal hier im Forum, weil das auch andere interessieren könnte. Ich möchte selber einen Phylogenie-Bäumchen erzeugen, möchte aber nicht ein paar hundert Euro dafür ausgeben.

Rainer empfahl mir folgendes Programm: BioEdit (http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html) (nicht gerade modern – Version von 2005). Leider schaffe ich es nicht, meine in einer Excel-Tabelle befindlichen Sequenzen in dieses Programm zu laden. Delbst nicht, nach dem ich jeden Sequenz einzeln in das sehr simple fasta-Format konvertiert hatte. Grund ist, dass ein dem Programm beiliegender Konverter, auf (m)einem 64 Bit-System nicht läuft und daher beim Importversuch mit einer Fehlermeldung abbricht.

Zum Zeichnen von Bäumen empfahl Rainer die Website https://itol.embl.de/ (https://itol.embl.de/), aber auch hier scheitert es an den erforderlichen Dateiformaten. Einen recht universelen Konverter fand ich hier: sequenceconversion.bugaco.com (http://sequenceconversion.bugaco.com/converter/biology/sequences/) aber das verwirrende Angebot an einander inkompatiblen  Dateitypen überfordert mich.

Wie mache ich es richtig? Gibt es noch Software-Alternativen? UGENE (http://ugene.net/) sollte im Prinzip das erforderliche (https://ugene.net/wiki/display/QSG/View%2C+edit+and+align+multiple+sequence+alignments) können (und noch viel mehr), doch ich bekomme es nicht hin.

Martin


Ressourcen: https://molbiol-tools.ca/
Titel: Re: Genetik-Tools
Beitrag von: Martin Lemke am 2018-02-14 12:55:36
Rainer hat mir per E-Mail geantwortet. Nach dem ich die Sequenzen in einer fasta-Datei (https://de.wikipedia.org/wiki/FASTA-Format) zusammengefasst hatte, klappt es nun auch mit UGENE. Hier mal ein Baum der GBOL-Ergebnisse von Microneta viaria.

Ein so gestaltetes Bäumchen habe ich bisher noch nicht gesehen. Ich schätze, das ist der Normalfall, wenn alle dicht bei einander liegen.

Martin

Titel: Re: Genetik-Tools
Beitrag von: Rainer Breitling am 2018-02-14 13:07:11
Hübsch :) Sieht so aus, als seien die alle identisch, mit Astlängen von Null. Könnte das sein? Vielleicht gibt es bei UGENE die Möglichkeit, Äste unterhalb einer Minimallänge nicht zu trennen? "Collapse branches" oder so? Oder kann man die Astlänge nach Ähnlichkeit skalieren, so dass kurze Äste auch kurz gezeichnet werden?
Beste Grüsse,
Rainer
Titel: Re: Genetik-Tools
Beitrag von: Martin Lemke am 2018-02-15 11:10:24
Es gibt 3 verschiedene Methoden:


Jede Methode mit einer gewissen Anzahl einstellbarer Parameter (siehe Screenshots). An denen habe ich aber mangels Kenntnis noch nicht herumgefummelt. Ich bin schon froh, dass ich jetzt ein Tool habe, mit dem ich schnell1 ein Bäumchen produzieren kann. In weitere Analysemethoden muss ich mich noch hineinfuchsen.

Mit der 3. Methode sieht das Bäumche etwas geordneter aus (Microneta_viaria1.svg).

Martin


1: "Schnell" ist natürlich relativ. Ich hatte schon ein Bäumchen mit sämtlichen Clubiona (ca. 4900 Datensätze) erstellt, wo man dann doch etwas warten muss, bis der Baum fertg ist.