Autor Thema: Yipee -- Platnick als Datenbank...  (Gelesen 4863 mal)

pfeiffer

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Michael Hohner

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #1 am: 2009-06-05 09:16:26 »
Sehr gut!

Auch schoen, dass man in der Bibliographie nach Autoren suchen kann, und die gefundenen Texte auf die betroffenen Taxone verweisen.

Michael Hohner

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #2 am: 2009-06-05 09:48:21 »
Die LSIDs im Wiki verlinken nun direkt in die WSC-Datenbank.

Martin Lemke

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #3 am: 2009-06-05 09:51:15 »
Schick, nun klappte es auch mit den LSID-Links! Allerdings steckt im Moment nur Version 8.5 (aktuell ist 9.5) in der Datenbank. Aber es geht nun sichtbar voran.

Martin
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pfeiffer

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #4 am: 2009-06-05 10:39:00 »
Die LSIDs im Wiki verlinken nun direkt in die WSC-Datenbank.

Gute Idee -- habe ich auch gleich in meine Datenbank einbezogen.

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Bastian Drolshagen

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #5 am: 2009-06-05 11:00:11 »
hi,
ist jemandem aufgefallen, dass die LSID URNs auf Gattungsebene nicht gehen? Wenn ich bspw. Allothele (Dipluridae - war klar, nä ;-) mit der LSID 00024 im Link anklicke, so komme ich zur Art LSID 24 - Ryuthela tanikawai Ono, 1997 (Mesothelae). Auch find ichs nicht gerade berauschend, dass man auf den Artseiten nicht sieht, in welcher Familie das jeweilige Viech überhaupt steht. Insgesamt denke ich, dass die Datenbank noch ein wenig Nacharbeit bedarf.

Arno Grabolle

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #6 am: 2009-06-05 11:15:36 »
... ja, wer will denn gleich meckern. Das ist ein riesiger Fortschritt zu den behäbigen Textdateien (bei den Linyphiiden ist mein Browser ab und zu abgestürzt). Jetzt sieht man endlich, wieviele/welche Arten weltweit zu einer Gattung gehören und Gattungen zu einer Familie. Es ist viel übersichtlicher.

Arno

pfeiffer

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #7 am: 2009-06-05 11:26:20 »
hi,
ist jemandem aufgefallen, dass die LSID URNs auf Gattungsebene nicht gehen? Wenn ich bspw. Allothele (Dipluridae - war klar, nä ;-) mit der LSID 00024 im Link anklicke,

Die URN/URL für die Gattungen sind anders. Für Tetragnatha, z.B., sieht das so aus: urn:lsid:amnh.org:spidergen:01413 ("spidergen" statt "spidersp")

-K

Bastian Drolshagen

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #8 am: 2009-06-05 11:41:28 »
oh oh, da hab ich was losgetreten ^^
Ich mecker ja garnicht, ich finds nur komisch, dass die LSID Gen Angaben nicht zum gewünschten Ergebnis führen und die PHP-Abfrage der Datenbank interessiert sich anscheinend nur für die Nummer, nicht aber für den "Gen" oder "Sp" Zusatz der URN...

Bastian Drolshagen

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #9 am: 2009-06-05 11:44:21 »
ich nehm alles zurück... die Datenbank interessiert sich doch dafür. Mein Fehler... ich geh jetzt erstma in die Ecke und schäm mich :-(

pfeiffer

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #10 am: 2009-06-05 11:57:12 »
ich nehm alles zurück... die Datenbank interessiert sich doch dafür.

Wie sieht denn die Gattungsanfrage aus? (Ich hab's selbst nicht probiert.)

-K

Bastian Drolshagen

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #11 am: 2009-06-05 12:35:26 »
hi Kevin,
der ID-Teil am ende der URL ändert sich von "?id=" in ?g_id=" bzw. auf Familieneben in "?f_id="

Ärgerlich ist imho trotzdem, dass auf Gattungsebene keine Synonymien mehr angegeben sind.

Vergleich: http://research.amnh.org/oonopidae/catalog/references.php?g_id=00031

Dazu die Info aus der Textversion:

N.B.: considered a senior synonym of Thalerothele Bertkau, 1880, Harmonicon F. O. P.-Cambridge, 1896 [but see below] (and thereby of Pseudohermachura Mello-Leitão, 1927 and Prosharmonicon Mello-Leitão, 1938, per Bücherl, 1962a: 261, contra Mello-Leitão, 1947b: 231, who considered the latter name a junior synonym of Parathalerothele Canals, 1931), Achetopus Tullgren, 1905 (considered a senior synonym of Parathalerothele Canals, 1931 by Schiapelli & Gerschman, 1968b: 185), Euharmonicon Mello-Leitão, 1920, Evagrella Mello-Leitão, 1923 and Taunayella Mello-Leitão, 1923 by Raven, 1985a: 74, but all species previously assigned to Diplura itself, except for the type species, Diplura macrura (C. L. Koch, 1841), and two others transferred to Rachias, were transferred by Raven (mostly without individual citations) to Linothele Karsch, 1879; not a senior synonym of Harmonicon F. O. P.-Cambridge, 1896 (Maréchal & Marty, 1998, contra Raven, 1985a), see note under Harmonicon.

« Letzte Änderung: 2009-06-05 12:37:12 von Bastian Drolshagen »

Michael Hohner

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #12 am: 2009-06-05 13:09:48 »
Dumm auch, dass man die LSID selbst in der Datenbank nicht angezeigt bekommt. Dazu muss man zurueck zur Textversion.

pfeiffer

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #13 am: 2009-06-05 17:32:53 »
Ärgerlich ist imho trotzdem, dass auf Gattungsebene keine Synonymien mehr angegeben sind.

Ja, das sehe ich auch so. Aber vielleicht kommt das noch -- mach das als Vorschlag bei Dr. Platnick.


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Bastian Drolshagen

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #14 am: 2009-06-05 18:48:28 »
hi,
ich hab Norm mal angeschrieben:
Er meinte dass er Synonymien eh nicht so auflistet, wie man sie in Monographien finden würde und der WSC eh nur Transfere auf Gattungsebene nach Roewer umfasst. Er will den Leuten, die Monographien über bestimmte Gattungen schreiben nichts vorweg nehmen und läßt es daher so wie es ist.
Die Textversion wird noch einige Versionen online bleiben.
Außerdem wurden nur Arten, welche in Version 8.5 valid waren LSIDs zugeordnet. Für alles andere kann man Roberts (Raven) Datenbank nutzen.

pfeiffer

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #15 am: 2009-06-05 18:52:20 »
Für alles andere kann man Roberts (Raven) Datenbank nutzen.

??

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Bastian Drolshagen

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #16 am: 2009-06-05 19:08:45 »
genau das Kevin, ich such diese Datenbank schon die ganze Zeit...

Bastian Drolshagen

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #17 am: 2009-06-05 19:40:52 »
oh mann, bin ich blöd?!?
Also: Die Datenbankversion des WSC ist von Robert, der WSC an sich von Norm...
irgendwie hab ichs heut nicht so mit dem denken ^^

Martin Lemke

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #18 am: 2009-06-07 12:49:37 »
Dumm auch, dass man die LSID selbst in der Datenbank nicht angezeigt bekommt. Dazu muss man zurueck zur Textversion.

Das klappt aber nur, so lange es die Textversion noch gibt. Vielleicht sollte man Platnick mal eine E-Mail mit einer entsprechenden Bitte schicken? Schließlich hat die LSID nur dann einen Sinn, wenn ID veröffentlicht wird.

Martin
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Bastian Drolshagen

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #19 am: 2009-06-07 15:01:06 »
hi Martin,
wieso? Die LSID ist doch gleich bedeutend mit der URL in Robert´s Datenbank...

Guido Gabriel

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #20 am: 2009-06-07 16:41:54 »
Hast du mal nen Link zur Datenbank von Robert Raven?
Such mich hier dusselig...

LG Guido

Bastian Drolshagen

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #22 am: 2009-06-08 00:25:38 »
Ach, da hab ich wohl was mißverstanden, ich dachte, daß wäre jetzt eine Datenbank von Platnick???

Michael Hohner

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #23 am: 2009-06-08 07:45:31 »
hi Martin,
wieso? Die LSID ist doch gleich bedeutend mit der URL in Robert´s Datenbank...

Nicht ganz. Bei Spezies ist das so. Bei Gattungen und Familien nicht.

Beispiel: Agelenidae: http://research.amnh.org/oonopidae/catalog/names.php?id=46036

Hier ist "id" nicht die LSID. Oder Gattung Agelena: http://research.amnh.org/oonopidae/catalog/references.php?id=43763

Ebenfalls keine LSID.

Die Gattungen und Familien werden nur manchmal mit LSID (Parameter "f_id" und "g_id") verlinkt, aber nicht konsequent.

Was auch fehlt sind sämtlichen Referenzen zu den Familien. Beispiel: http://research.amnh.org/oonopidae/catalog/references.php?f_id=37

Martin Lemke

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #24 am: 2009-06-08 08:35:54 »
hi Martin,
wieso? Die LSID ist doch gleich bedeutend mit der URL in Robert´s Datenbank...

Nicht ganz. Bei Spezies ist das so. Bei Gattungen und Familien nicht.

Ich habe nach Keijia tincta suchen lassen und bekam folgenden URL angezeigt:
http://research.amnh.org/oonopidae/catalog/names.php?name=keijia+tincta

Da sehe ich keine LSID. Wo ist sie?

Martin
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pfeiffer

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #25 am: 2009-06-08 09:13:27 »
Ich habe nach Keijia tincta suchen lassen und bekam folgenden URL angezeigt:
http://research.amnh.org/oonopidae/catalog/names.php?name=keijia+tincta
Da sehe ich keine LSID. Wo ist sie?

Die steht in dem mit dem Artennamen verlinkten URL:
http://research.amnh.org/oonopidae/catalog/references.php?id=8737

(Mein Browser zeigt den Link unten wenn ich den Link "mouse-overe".) Sinnvoll wäre es diese Nummer direkt auf der Seite zu zeigen, finde ich.

Da ich für viele aber nicht alle Arten die "Platnick-Nummer" in meiner Datenbank schon habe, habe ich eine ähnliche Suchanfrage-Formulierung gleich eingesetzt:
Case(
  Platnick ≠ "";  "http://research.amnh.org/oonopidae/catalog/references.php?id=" & Platnick;
  "http://research.amnh.org/oonopidae/catalog/names.php?name=" & Genus & "+" & Species
)


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« Letzte Änderung: 2009-06-08 09:15:03 von Kevin Pfeiffer »

Michael Hohner

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #26 am: 2009-06-08 09:45:46 »
Ich habe nach Keijia tincta suchen lassen und bekam folgenden URL angezeigt:
http://research.amnh.org/oonopidae/catalog/names.php?name=keijia+tincta
Da sehe ich keine LSID. Wo ist sie?

Die steht in dem mit dem Artennamen verlinkten URL:
http://research.amnh.org/oonopidae/catalog/references.php?id=8737

Was, wie gesagt, ausschliesslich bei Spezies funktioniert, nicht bei Gattungen oder Familien.

Bastian Drolshagen

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #27 am: 2009-06-08 11:56:52 »
hi,
doch doch, das geht, nur halt nicht wenn ihr auf den grünen Pfeil drückt. Wenn man den Link an sich (also Familie/Gattung --> Schriftlink) nimmt bekommt man in der URL Zeile des Browsers die Familien/Gattungs LSID angezeigt.

Aber wie Kevin schreibt: Die LSID auf der Seite an sich wäre besser - ist aber nicht unbedingt Sinn der Sache, da diese Datenbank am Ende ja das Ende der LSID Suche darstellt. Wenn man also eine bestimmte LSID sucht und auf die entsprechende Seite in der Datenbank kommt, warum sollte dann dort nochmal die LSID stehen?
Ich will die LSID trotzdem auf der Seite ^^

@Michael: Ich dachte auch erst die DB sei von Norm, bis er mich aufgeklärt hab, bzw. ich verstanden hab was er meinte: Die Textversion des WSC ist von ihm, die Datenbankversion wurde jedoch von Robert erstellt.
Abwarten bzgl. der Referenzen, die kommen sicher noch. Die Datenbank ist ja noch nicht fertig. So wie ich das sehe kommen relevante PDFs auch noch mit rein (sonst wäre der Hinweis auf die Verfügbarkeit bestimmter PDFs ja sinnlos).

Insgesamt glaube ich, dass das Ding eine rosige Zukunft vor sich hat und Datenquelle Nr. 1 werden wird.

Hier mal ein kleiner Auszug aus seiner Antwort bzgl. dem Sinn der LSIDs:

Zitat
The idea (if it materializes) is that when a new version of the catalog appears, you can send a list of the numbers of
taxa of interest to you to an LSID resolver at AMNH, and receive back a list of the currently valid numbers corresponding to those taxon concepts.  So when you get back the list, you only have to check, and update in your own databases, those cases where the resolver sends back a different number, indicating that the currently valid name has changed.

Michael Hohner

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #28 am: 2009-06-08 12:10:54 »
doch doch, das geht, nur halt nicht wenn ihr auf den grünen Pfeil drückt. Wenn man den Link an sich (also Familie/Gattung --> Schriftlink) nimmt bekommt man in der URL Zeile des Browsers die Familien/Gattungs LSID angezeigt.

Aber eben nicht durchgaengig. Manchmal wird eine Familie/Gattung ueber die LSID verlinkt, und manchmal nicht. Schon auf der Einstiegsseite sind die Familien nicht ueber LSID verlinkt.

pfeiffer

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Re: Yipee -- Platnick als Datenbank...
« Antwort #29 am: 2009-06-08 12:35:57 »
Aber eben nicht durchgaengig. Manchmal wird eine Familie/Gattung ueber die LSID verlinkt, und manchmal nicht. Schon auf der Einstiegsseite sind die Familien nicht ueber LSID verlinkt.

Ja, ein bisschen verwirrend ist die ganze Sache schon, aber viel Zeit damit habe ich nicht verbracht und ich spure allmählig, dass die "Taxonomieinformatik" ziemlich komplex ist. David Shorthouse (Nearctic Database, ein Vorreiter) wusste gar nicht vom Projekt, also die kleine Spinnenwelt ist angeblich doch nicht so klein. Wer seine Meinung dazu lesen möchte, findet die hier:
http://forum.canadianarachnology.org/viewtopic.php?p=2373&sid=1d05f5008d81f858865a6adf05169826#2373

Na, mal sehen, wie das sich weiterentwikelt.

@Bastian: Das WSC ("Platnick") war schon Quelle-Nr. 1, nur jetzt haben wir hoffentlich bessere Möglichkeiten die Daten schnell und flexibel dar/vorzustellen (mit der "Platnickdatenbank" als back end oder front end, je nach /BedarfWünsch).

-K
« Letzte Änderung: 2009-06-08 12:38:03 von Kevin Pfeiffer »